Theo tư liệu lịch sử, vào những năm giữa thế kỉ 19, có một con đường dài 120 km tên gọi là con đường “Muối, gốm sứ và cồng chiêng” từ Quảng Ngãi lên Kon Tum. Con đường này hẻo lánh, hoang vu, gập ghềnh từ ngã ba Thạch Trụ, Quảng Ngãi qua Ba Tơ, đèo Violắc là con đường buôn muối, gốm sứ và cồng chiêng hoặc các vật dụng giao thương giữa người Kinh và người dân tộc trong khu vực. Khi đó những nhà truyền giáo người Pháp cũng đã theo con đường này để bắt đầu công cuộc truyền giáo và có ý định xây dựng các nhà thờ nhỏ bằng gỗ, tre để truyền đạo. Nhà thờ đầu tiên như vậy được xây dựng vào năm 1870. Cho đến khi số lượng giáo dân đông dần, linh mục Giuse Decrouille được giao cai quản xứ đạo Kon Tum. Vào năm 1913, ông quyết định xây dựng ngôi nhà thờ lớn với vật liệu chủ yếu là gỗ cà chít. Công việc xây dựng nhà thờ gỗ Kon Tum bắt đầu từ năm 1913 và kéo dài đến năm 1918 mới hoàn tất. Dù đã trải qua bao biến thiên lịch sử, cho đến nay nhà thờ vẫn không hề bị hư hỏng mà vẫn vững chắc.[3][4]